Owen sống tại Wandsworth, London.[4] Năm 2006, anh đính hôn với nữ diễn viên Emma Ferguson, người có mối quan hệ với anh từ năm 2004. Ngày 8 tháng 11 năm 2009, họ tổ chức đám cưới tại nhà thờ Cawdor, Scotland. Người con trai, Elwood Jack, ra đời năm 2006 và người con gái, Willow Rose, ra đời năm 2008.[5][6]Vào tháng 3 năm 2010 Owen thú nhận việc ngoại tình của mình từ cuối năm 2004 đến tháng 9 năm 2009.[7] Sáu tháng sau, anh vào phòng khám tư nhân để cai đồ uống có cồn.[8]

Mark cho biết anh là fan cuồng của bộ phim Ghostbusters và có sở hữu Proton Packs được sử dụng trong bộ phim năm 1984.

Owen là người ăn chay.